Vers la fin du 19 ème siècle, le monde est envahit par des démons : les Akumas. Dirigés par le Comte Millénaire, les Akumas occupent le corps des gens envahit par la tristesse et le désespoir. Pour faire face à cette menace, une organisation secréte tente d'empêcher cette invasion : les Prêtres Noirs, ou Exorcistes.

Allen Walker est un jeune exorciste possédant un oeil et un bras étrange. Suivant les ordres de son maître, il se rend au quartier généralde l'organisation religieuse de l'ombre. Allen va alors découvrir une guerre ancestrale que les Exorcistes mènent contre le Comte Millénaire et ses Akumas...