A l'ère Edo, le Japon est envahi par des extraterrestres plus ou moins humanoïdes appelés Amanto. Ceux-ci parviennent suite à de longs combats à vaincre les samouraï. Dès lors, une futurisation radicale tranchant avec le décor classique du Japon se met en place et les Amanto interdisent le port du sabre en public. Malgré tout, il en reste qui préfèrent conserver leur bushido.

Dans ce Japon complètement anachronique, subsistent ainsi des personnes qui refusent d'abandonner leur sabre. Parmi eux, Gintoki Sakata, ancien samouraï excentrique. Avec son comparse, Shinpachi Shimura et l'extraterrestre Kagura, ils forment un groupe d'"homme-à-tout-faire" prêts à tout pour pouvoir payer leur loyer.